[表示]-[エラー]をチェックして、エラーが表示される状態にします。その小節の背景が赤または青色になった場合は音符のタイミングがずれている可能性があります。

その小節を選択して[編集]-[整列]コマンドを実行して音符の位置を整列させてみてください。そして高音部と低音部で横方向の位置がずれていたら、その音符・休符を移動させて位置を合わせます。(このとき「グリッド吸着」や「ガイドライン」のオプション(リファレンスマニュアルp.42参照)を使うと便利です。)

特に連符が含まれる小節の場合は注意が必要です。連符が含まれる小節の位置の合わせ方はこちらを参照してください。