たたくスタッフです。
スコメZEROの最新版では、SMFインポートのクオンタイズまわりが改善されました
「SMFインポートの設定」ダイアログボックスの「オプション」「クオンタイズ」に「自動」が追加されています

「クオンタイズ」って何だかよくわからないという場合でも、この「自動」でインポートすればほとんどOKですョ
手弾きのデータなど、自動ではうまくいかなかった場合などは、手動での設定も可能です。
クオンタイズのドロップダウンリストで、インポートする最も短い音符を指定します。

右にある「3連符」にチェックを入れた場合は、クオンタイズで指定した音符の3連符もインポートされます。
例えば、16分音符と8分3連がある場合は、クオンタイズを「16分音符」にして「3連符」にチェックを入れると、うまくインポートされます。(16分3連がある場合はそれもインポートされます)

以前SMFインポートでうまくいかなかったファイルも、もう一度最新版でやってみたらうまくいくかもしれませんね